Čia įrengta unikali karaimų tautos ekspozicija, pasakojanti apie šios tautinės mažumos istoriją ir gyvenimą Lietuvoje bei Trakuose.
Karaimų muziejaus įkūrimo Trakuose iniciatoriumi buvo pasaulinio garso orientalistas, karaimų vyriausiasis dvasininkas, hachanas Hadži Seraja Chan Šapšalas (1873-1961) pats surinkęs didžiulę ir įspūdingą buities, meno, ginklų bei dokumentų kolekciją, kuri sudarė būsimo muziejaus ekspozicijos pagrindą. Muziejaus pastato statybą, vadovaujamą architekto J. Borovskio ir pradėtą 1938 metais, finansavo Lenkijos vyriausybė Nuo1967 metų buvo įrengta Karaimų etnografinė paroda.