Kudirkos Naumiestis savo pavadinimu įamžina daktaro, rašytojo ir caro laikų tautinio atgimimo šauklio Vinco Kudirkos gyvenimą šiame miestelyje, kuris taip vadinamas nuo 1934 m., kai centrinėje miesto aikštėje pastatytas skulptoriaus Vinco Grybo paminklas Vincui Kudirkai.
V. Kudirkos muziejus įkurtas 1960 m. Metams bėgant didėjo muziejaus reikšmė, daugėjo eksponatų. Buvo nutarta įkurti fondą naujo muziejaus statybai, o pats naujas muziejaus pastatas, kaip Lietuvos Nacionalinio muziejaus padalinys, atvėrė duris 1998 m. gruodžio 5 d. Beje, muziejus stovi toje vietoje, kur kadaise stovėjo namas, kuriame paskutines gyvenimo dienas ir praleido tautinio atgimimo šauklys.
Tautinio išsivadavimo laikotarpis apsprendė ir paties muziejaus ekspozicijos tematiką: krašto istorija bei varpininkai. Dalis ekspozicijos yra skirta Naumiesčio ir jo apylinkių istorijai, iš krašto kilusiems šviesuoliams. Antroji ekspozicijos dalis skirta varpininkams ir iškiliausiam iš jų – Vincui Kudirkai.