Punios vietovę 1382 metais mini Kryžiuočių ordino kronikos. Po penkerių metų Punia jau vadinama miesteliu, kuriam XVI amžiaus pradžioje buvo suteiktos Magdeburgo teisės, leidusios miestui tvarkytis savarankiškai. Tiek miestelis, tiek jame esantis piliakalnis iki šių dienų yra apgaubtas daugelio legendų ir pasakojimų. Punios miestelis ir ant piliakalnio stovėjusi iš pradžių medinė pilis, vėliau mūriniai rūmai buvo pamėgti Lietuvos didžiųjų kunigaikščių. Dėl šios priežasties Punioje buvo pastatyta viena iš pirmųjų bažnyčių Alytaus krašte. Pasakojama, kad tuokart, 1425 metais, bažnyčią statyti paliepęs Lietuvos kunigaikštis Vytautas Didysis, todėl jo atminimas gerbiamas iki šių dienų – bažnyčioje šalia Punios miestelio herbo kabo šio kunigaikščio portretas. Ši bažnyčia stovėjo toje vietoje, kur dabar stovi bokšto formos mūrinė Šv. Jurgio koplytėlė, skirta 1831 metų sukilėliams atminti. Dabartinė Šv. Apaštalo Jokūbo bažnyčia pastatyta 1863 metais, toje pat vietoje, kur 1857 metais sudegė prieš tai čia stovėjusi bažnyčia. Jos architektūra – baroko ir klasicizmo jungtis. Atrodanti didinga išorėje, viduje yra labai jauki, nedidukė ir pulsuojanti ramybe.