Paberžės piliakalnį sudaro trys kalnai. Yra 230 m. į ŠV nuo Šilų gyvenvietės, 50 m. į ŠR nuo Paberžės upelio. ŠR piliakalnis apaugęs medžiais. Šlaitai iki 7 m. aukščio. ŠR galas siekia aukštumą. Viršuje įdubusi, 12 m. ilgio PV-ŠR kryptimi ir 8-9 m. pločio aikštelė. ŠR gale yra 1 m. aukščio pylimėlis. Jo išorinis šlaitas leidžiasi į pašlaitėje esantį 19 m. ilgio griovį, už kurio 14 m. ilgio, pamažu į ŠR kylanti aikštelė. Jos ŠR gale yra įtvirtintas papilys. Paberžės piliakalnį 1971 m. žvalgė Mokslų Akademijos Istorijos Institutas.
Rajono kultūros ir gamtos paminklus 1973 m. kartografavo Respublikinio žemėtvarkos projektavimo instituto geodezijos skyrius.
Piliakalnis įrengtas aukštumos krašte. Aikštelė keturkampė, Š-P kryptimi, 47x41 m dydžio. Ją žiedu juosia pylimas, 14 m pločio, kitur – 5 m pločio, iki 0,5 m aukščio. P-R kraštuose iškastas 12 m pločio, 3 m gylio griovys, kurio dugnas P dalyje yra 6 m pločio. Šlaitai statūs, 5-6 m aukščio. Piliakalnis apardytas ariant, įrengtos kapinės. R piliakalnio krašte stovi sodyba. Piliakalnio kraštai apaugę lapuočiais. Manoma, kad ant šio piliakalnio stovėjusi medinė Žeimių pilis, kurią sudegino kryžiuočiai 14 a.