Kurti muziejų Molėtuose buvo ketinama dar sovietiniais laikais. Muziejų planuota įrengti miestelio centre esančių senųjų prekybinių pastatų - "raudonųjų mūrų" rūsiuose. 1989 m. rajoniniams kultūros namams buvo skirtas muziejininko etatas. Darbuotojas turėjo rūpintis muziejaus įsteigimu.
Prekybiniams pastatams tapus privačia nuosavybe, teko ieškoti kitos vietos. Buvo pasiūlyta pritaikyti senąją muzikos mokyklą, kurios remontas būtų pareikalavęs daug lėšų. Vyriausiojo architekto Gedimino Putvinsko patarimu pasirinkta rekonstruojamų kultūros namų palėpė. Kadangi kultūros namų rekonstrukcijos projektą rengė architektas Antanas Šlepikas, jis projektavo ir muziejaus patalpas. Muziejų asociacijos tarybos pirmininkas Dailės muziejaus direktorius Romualdas Budrys patarė muziejaus meninį apipavidalinimą patikėti dailininkams dizaineriams iš Vilniaus Gintarui Kuzmickui ir Mindaugui Jankauskui.
Kadangi nebuvo diplomuotų muziejininkų, tai muziejaus darbuotojams teko lankytis Vilniaus, Utenos, Ukmergės, Švenčionių, Kretingos, Rokiškio, Kauno muziejuose, mokytis, semtis patirties. Atrinkti svarbiausius eksponatus ekspozicijai. Kurti ekspozicijos koncepciją padėjo žymi Lietuvos muziejininkė, ilgus metus dirbusi Nacionaliniame muziejuje Ona Mažeikienė. 1991 m. buvo suformuotas muziejininkų kolektyvas iš keturių žmonių. Pradėjo veikti parodų salė. Savo darbus čia eksponuoja rajono tautodailininkai bei profesionalūs menininkai.
1997 m. liepos 6 d. muziejus buvo oficialiai atidarytas. Ta diena molėtiškiams buvo reikšminga dvejopai: tai Mindaugo karūnavimo, Valstybės diena ir antra, atidaromas krašto muziejus, pažymint Molėtų 610 metų jubiliejų. Šias šventes susiejo pats laikas - istorija, kuri niekada nesibaigia ir tęsiasi mumyse. Juostelę perkirpo gausią eksponatų kolekciją muziejuj pardavęs Česlovas Stankevičius. Muziejininkai pravedė pirmąją ekskursiją po naująjį muziejų gausiai susirinkusiems svečiams.
1999 m. buvo pradėta eksploatuoti naujai pastatyta saugykla, kuri kasdien darosi ankštesnė. Prie kasos buvo įrengtas jaukus dailės salonėlis, kuriame galima įsigyti paveikslų, nuotraukų, pintų daiktų, keramikos dirbinių, juvelyrinių papuošalų ….
Molėtų krašto muziejus atidarytas 1997 m. liepos 6 d. Česlovo Stankevičiaus eksponatų kolekcijos pagrindu. Steigėjas - Molėtų rajono savivaldybė. Muziejus įsikūręs Molėtų miesto centre, ''raudonųjų mūrų'' kaimynystėje, Inturkės 4 . Priešais muziejų yra automobilių stovėjimo aikštelė.
Tik atvėrus muziejaus duris, lankytoją pasitinka storulės šiaudinės karlojos. Laiptais kylant į antrą aukštą, kiekvieną lankytoją palydi grafikės Viktorijos Daniliauskaitės Langai.
Ekspozicijos pradžioje archeologinis žemėlapis supažindina lankytoją su Molėtų rajono archeologinėmis vietomis: piliakalniais, pilkapiais, senkapiais, alkais.
Kviečiame apžiūrėti temines ekspozicijas Duonos kelias ir Lino kelias. Vyro ir moters tautiniai kostiumai rodo Molėtų krašto žmonių mėgstamiausias spalvas bei raštus, to meto drabužių ansamblį. Gausi saiko, laiko bei tūrio matų kolekcija surinkta Molėtų rajono kaimuose ir miesteliuose.
Šiuo metu muziejuje saugoma virš 10000 eksponatų.