Pirmieji bandymai įkurti Klaipėdoje muziejų datuojami XX a. pradžia. Kunigo dr. V. Gaigalaičio vadovaujamos draugijos "Sandora" 1906 m. pr. narių visuotiniame susirinkime buvo nutarta steigti biblioteką-muziejų. Draugijai įsigijus nuosavus namus, nuo 1912 m. ten pradėjo veikti biblioteka ir prie jos prisiglaudęs istorijos-etnografijos muziejus. Dėkodamas už padovanotus pirmuosius eksponatus, draugijos periodinis leidinys "Pagalba" prašė lietuvininkų "mums daugiau tokių senovės liekanų atgabenti. Jos namuose tik išsimėto ir prapuola, o "Sandoroje" jos bus pakavojamos gražiai ir rūpestingai ateisiantiems čėsams". Nėra duomenų apie šio muziejaus ekspoziciją ir eksponatų skaičių, nežinoma ir jo veikla po Pirmojo pasaulinio karo.
2006 m. sausio 1 d. duomenimis gaunamų eksponatų knygoje įtraukti 88 707 eksponatai. Didelę gintaro dirbinių, proginių juostų, rankšluosčių ir kilimų autorinę kolekciją muziejui padovanojo tautodailininkai Juzefa ir Vladas Mickevičiai. Muziejininkas Dionyzas Varkalis padovanojo muziejui dalį savo asmeninės kolekcijos (799 eksponatai).