Po Karvaičių kaimui lemtingos 1791 metų žiemos, kai gyvenvietė galutinai buvo užpustyta smėliu, dalis gyventojų persikėlė į Juodkrantę ir čia pradėjo statyti bažnyčią. Pirmoji bažnytėlė buvo medinė. Ji sudegė 1878 m. Po septynerių metų (1885 m.) iškilo nauja Juodkrantės bažnyčia - įspūdingas gotikinio stiliaus raudonų plytų pastatas, kuris tais pačiais metais buvo ir pašventintas. Pokario metais ši bažnyčia buvo paversta sandėliu ir tik aštuntajame dešimtmetyje ją imta remontuoti, langai papuošti vitražais. Kurį laiką čia veikė Miniatiūrų muziejus. Lietuvos atgimimo laikotarpiu Juodkrantės bažnyčia atgavo ankstesnį savo statusą, ir nuo 1989 m. čia vėl vyksta pamaldos.