Druskininkų miesto muziejaus idėja brandinama daug metų: renkama istorinė medžiaga, paveikslai, rengiami dailininkų kūrybos plenerai „Čiurlionio dienos“. 1996 m. Druskininkų miesto taryba priėmė sprendimą įsteigti muziejų. Tik 1999 m. pradžioje, kai miestas jau buvo gavęs Petro Viščinio dovanotą kolekciją – paveikslus, knygas, garso įrašus, ir 1999 m. gegužės 26 d. Druskininkų miesto muziejų įregistravo Kultūros ministerija, muziejaus kūrimo darbai vėl pajudėjo. Pirmasis kūrimosi etapas – P. Viščinio kolekcijos ekspozicijos atidarymas įvyko 2000 m. spalio 15 d.
Pastatas, kuriame įkurtas muziejus – gražus XX a. pradžios architektūros paminklas, vadintas Linksmąja vila. Perdavus visą pastatą muziejui, atsirado galimybė išplėsti muziejaus ekspoziciją ir funkcijas.
Muziejaus vadovas – Gintaras Dumčius.