Iki 1631 m. buvo pastatyta pirmoji Dotnuvos bažnyčia. 1701 m. V. Bžostovskis ir jo žmona K. Mlečkaitė Dotnuvoje įkūrė bernardinų vienuolyną, kurio mūrinis pastatas išaugo 1768 m. Čia gyvenę 23 vienuoliai, 1773 m. pašventinę būsimosios bažnyčios pamatus. Už aktyvų dalyvavimą 1831 ir 1863 metų sukilimuose Dotnuvos vienuoliai buvo ištremti į Sibirą, 1864 m. caro valdžia vienuolyną uždarė. Nuo 1990 m. Dotnuvoje vienuolika metų veikė kapucinų vienuolynas (įkūrėjas Tėvas Stanislovas). Buvusio vienuolyno patalpose yra turtinga biblioteka ir liturginių drabužių (abitų) muziejus.
Vėlyvojo baroko stiliaus Viešpaties Apsireiškimo Šv. Mergelei Marijai bažnyčia baigta statyti 1810 m. Dvarininkai Chrapovickiai iš dalies finansavo bažnyčios statybą ir įrengė centrinį altorių. Dotnuvos bažnyčioje daug meno vertybių: paveikslų, altorių, skulptūrų. Miestelio gyventojai buvę smarkiai sulenkėję. Žinomas faktas, kad apie 1930 m. vienas vyskupas bažnyčioje buvo apmėtytas kiaušiniais, mat prabilęs į parapijiečius lietuviškai.