Zapyškio Šv. Jono Krikštytojo bažnyčia stovi Zapyškio miestelyje.
Zapyškio bažnyčiai 1578 m. dovanota žemės.
Senoji bažnyčia 1666 ir 1698 m. konsekruota (iki tol gerokai remontuota).
1667 m. minima parapinė mokykla.
Iki 1794 m. Zapyškis priklausė Žemaičių vyskupijai.
1744 ir 1763 m. bažnyčia remontuota: paaukštinta, pristatyta zakristija, įrengtas altorius. Po 1812 m. pagrindinio fasado centre pastatyta medinė varpinė (1912 m. nugriauta).
Nuo 1901 m. bažnyčioje pamaldos nelaikytos.
Per Pirmąjį pasaulinį karą vokiečiai išardė vargonus, pasiėmė vamzdžius.
Bažnyčia 1923 m. restauruota, 1936 m. joje buvo bažnytinių daiktų sandėlis.
1946 m. potvynis nugriovė bažnyčios rytinę dalį.
1953–1955 m. ji atstatyta, 1969 ir 1979 m. remontuota. Dabar pamaldos nevyksta.
Klebono Kazio Valaičio rūpesčiu toliau nuo Nemuno 1908–1913 m. mūryta nauja bažnyčia. Traukdamasi Rusijos kariuomenė 1915 m. pastatą sugriovė. Ant tų pačių pamatų 1939–1942 m. pastatyta mažesnė bažnyčia.
Senoji Zapyškio bažnyčia gotikinė, stačiakampio plano, halinė, vienabokštė, su bokšteliu, be apsidės. Vidus 3 navų