Muziejus veikia šalia Papilės bažnyčios stovinčioje tradicinėje žemaitiškoje troboje, buvusioje Papilės altarijoje. Čia paskutiniuosius savo gyvenimo metus praleido rašytojas, švietėjas ir istorikas Simonas Daukantas.
Simono Daukanto muziejų 1986 m. įsteigė rajono savivaldybė. Dabar muziejuje apie 300 eksponatų. Čia lankytojams pateikiami A. Švažo, R. Tarabildos, A. Každailio, S. Šakalio, A. Banio, A. Surgailienės, K. Šimonio muziejui padovanoti paveikslai Simono Daukanto kūrinių motyvais, įvairi dokumentinė medžiaga, žymių žmonių prisiminimai ir kt., pasakojantys apie šį iškilų žemaitį. Apsilankiusieji susipažįsta su S. Daukanto gyvenimo keliu, jo istoriniais ir kalbiniais darbais bei kitų autorių kūriniais apie šį istoriką, rašytoją,švietėją.
Papilėje kiekvieno dėmesį patraukia ir miestelio centre esantis paminklas Simonui Daukantui (skulptorius V. Grybas), pastatytas už Lietuvos mokytojų surinktus pinigus.