Pažaislio ansamblis smarkiai nukentėjo per Šiaurės karą XVIII a. pradžioje, o dar žiauriau nuniokotas po 1931-1932 metų sukilimo. Vienuolynas buvo atimtas iš katalikų, bažnyčia paversta cerkve - pakeistas interjeras, pertapytos freskos, sunaikintos skulptūros altoriai. Didžiausios sakralinio meno vertybės išliko zakristijos, choro, kapitulos interjere - sienos ištapytos Šv.Rašto temomis, daug vietos skirta Šv.Mergelės Marijos garbei (tapytojas G.Rossi), vienuolių kamaldulių gyvenimui ir Pacų giminės atminimui (tapytojas M.A.Palloni), nemaža stiuko lipdinių (skulptorius G.Merli).
Tai vienas originaliausių ir įspūdingiausių liepsnojančios gotikos statinių Lietuvoje. Namą XV a. pabaigoje pastatė Hanzos bendruomenės pirkliai. XIX a., romantizmo laikotarpiu, sienoje rasta Perkūno statulėlė, todėl pastatas imtas laikyti pagonių šventove. 1844 m. čia įsteigtas pirmasis Kauno Dramos teatras. Dabar Perkūno namas priklauso Jėzuitų gimnazijai.