1887 m. kunigas Juozapas Ambrazevičius su parapiečiais pastatė naują mūrinę dvibokštę šv. Juozapo vardo bažnyčią. Į vieną iš bokštų buvo įkelti varpai. Iš senosios bažnyčios atnešti ir įtaisyti vargonai. Pilies kapinėse buvo kapinių koplyčia. Antrojo pasaulinio karo metu bažnyčia apdegė, bokštai buvo numušti. O pokario metais atremontuota, tačiau su žemesniais bokštais. Dabartinėje bažnyčios interjere dominuoja klasikinė erdvė, derinama su gotikos tradicijomis.
Lietuvos miesteliai neretai didžiuodavosi gerais varpais. Buvo stengiamasi turėti kuo balsingesnius, kuo toliau girdimus varpus. Prieš Pirmąjį pasaulinį karą Papilės bažnyčiai varpus nupirko iš Afrikos sugrįžęs turtingas emigrantas iš Šemetaičių kaimo. Šiuos varpus vokiečiai paėmė metalui, o po Pirmojo pasaulinio karo parapiečių lėšomis įtaisyti kiti varpai. Juos į varpinę sukėlė sumanus Rimšų kaimo ūkininkas, panaudodamas savo paties sukonstruotus įrengimus.
Tačiau daug melodingesnis ir istoriniu požiūriu įdomesnis yra senasis Papilės bažnyčios bronzinis varpas. XVIII a. antrojoje pusėje varpas buvo skilęs ir jį teko perlieti. Darbą pakartotinai atliko žinomas meistras E. F. Fechteras Mitavos (dabartinė Jelgava Latvijoje) liejykloje. Taip paskutiniųjų meistro gyvenimo metų darbas. 1940 m. užėjus sovietams varpas buvo paslėptas, užkastas į žemę. Slėptuvei vieta buvo parinkta už šventoriaus, po sandėliuku. Varpas iš po žemių iškastas tik 1992 metų liepą, kai vargonininkas Simonas Čiapas atskleidė brolio patikėtą paslaptį. Netrukus jis buvo įkeltas į bažnyčios bokštą.