Panemunės pilis pastatyta ant Nemuno dešiniojo kranto aukštumos kyšulio, šalia Kauno–Jurbarko plento. Pilies pavadinimas kelis kartus keitėsi. Pirminį pavadinimą ji gavo nuo Panemunės dvaro, kurio žemėje buvo pastatyta. Kai jos savininkai buvo Gelgaudai, vadinta Gelgaudų pilimi. Po 1831 m. sukilimo įsigalėjo Zamkaus vardas. XX a. pr. netoliese įsikūrė kaimas, kurį vienuoliai saleziečiai pavadino Vytėnais; pagal tai ir pilį tuo vardu imta vadinti. Dabar ji vėl vadinama Panemunės pilimi.
Šią pilį apie 1604 m. pradėjo statyti iš Vengrijos atsikėlęs miško pirklys Janušas Eperješas. Panemunės pilis nebuvo krašto gynybai skirta tvirtovė, o tipiška XVII a. feodalo pilis su gynybiniais įrengimais, gyvenamaisiais ir ūkiniais pastatais. Manoma, kad pilies architektas buvo P. Nonhartas, kuris suprojektavo ir Vilniaus žemutinę pilį. Panemunės pilies statyba buvo baigta apie 1610 m. Pirmoji pilis buvo renesansinė, nors turėjo ir vėlyvosios gotikos elementų. Pilį supo 5 tvenkiniai, prie kurių stovėjo 4 malūnai bei ūkiniai pastatai, likę iš senosios dvaro sodybos. XVII a. viduryje Janušo Eperješo sūnus Kristupas pilį rekonstravo, ji įgavo baroko elementų. 1753 m. jau apleistą pilį įsigijo baronas L. Igelštromas, iš kurio 1759 m. nupirko Žemaitijos bajoras Gelgaudas. Po 1783 m. pilis buvo rekonstruota klasicizmo stiliumi, dalis senųjų pastatų nugriauta. Pilis nukentėjo per 1831 m. sukilimą, o 1832 m. už Gelgaudų dalyvavimą sukilime valstybės buvo nusavinta. Vėliau priklausė valstybei, įvairiems savininkams, dalis pilies sunyko. Pilies restauracija pradėta 1987 m. Šiuo metu išlikę 3 korpusai – vakarinis su dviem bokštais, pietinis bei rytinis.
Panemunės pilies parkas – sudėtinė Panemunės pilies komplekso dalis. Manoma, kad pilies parkas įkurtas XVII a. I pusėje ir buvo keletą kartų rekonstruotas. Parko teritorijoje yra trys apžvalgos aikštelės, šalia pilies – penki kaskadiniai tvenkiniai, prie kurių seniau stovėjo vandens malūnai. Dėl kalvoto reljefo pilis palieka neišdildomą įspūdį. Panemunės pilies parkas – puikus peizažinio parko pavyzdys. Parke nuo seno daugiausia auga vietiniai medžiai ir krūmai: ąžuolai, uosiai, skroblai, guobos, mažalapės liepos, paprastieji šermukšniai, beržai, paprastosios ievos, paprastosios eglės. Iš svetimžemių medžių išsiskiria tik viena rūšis – prie tvenkinių augančios įspūdingų matmenų pilkosios tuopos.
Pilies parke yra du pilkapiai: vienas didesnis, kitas mažesnis. Legenda byloja, jog didžiajame ilsisi kunigaikštis Vytenis, o šalia, mažesniajame, – jo žmona. Pilies papėdėje įsikūręs Pilies I kaimas.