1542 m. liepos mėn. buvo padėtas kertinis Rotušės pastato pamatų akmuo. Statybą vykdė architektas Benediktas Choinauskas. Netinkuoti plytiniai fasadai ir tinkuoti interjerai buvo gotikiniai. Angos turėjo figūrinių molio plytų apvadus. Rūsiai buvo perdengti plytiniais skliautais I ir II aukštai- medinėmis perdangomis. Pirmame aukšte buvo prekybinės ir antraeilės valdinės patalpos. Šiaurinėje I aukšto pusėje buvo krautuvės, II aukšte buvo miesto magistrato posėdžių salė, teismo salė, kanceliarijos burmistro ir kiti kambariai. Po visu pastatu buvo rūsiai. Dviaukščiame bokšto rūsyje buvo kalėjimas su geležinėmis grandinėmis kaliniams pririšti.
XVII a. pradžioje pastatas buvo apmiręs, 1638 m. pradėta pirmoji stambi rekonstrukcija renesanso stiliuje.
1771 -1775 m. architektas J. Matekeris įvykdė antrą stambią rekonstrukciją: vėl atstatė XVII a. nugriautąją pastato dalį, vėl perplanavo patalpas, pristatė viršutinį bokšto aukštą, suteikė fasadams dabartinį vėlyvojo baroko su klasicizmo įtaka dekorą. Buvusį renesansinį frontoną perdirbo į barokinį ir pastatė ant jo Didžiųjų Lietuvos kunigaikščių skulptūras (kurios ikiXIXa. sunyko).
1824 m. Rotušė buvo paversta pravoslavų cerkve, vėliau artilerijos šaudmenų sandėliu.
1836 m. architektas profesorius Karolis Podcasinskis, tęsdamas trečiąją rekonstrukciją, įrengė Rotušėje pakeleivinę Rusijos carų, rezidenciją: l aukšte buvo vaito butas, virtuvė ir ūkinės patalpos. II aukšte - puošnūs gyvenamieji kambariai carui ir jo palydai, lipdiniais išpuošta baltoji iškilmių salė ir vestibiulis. Buvo brangių baldų, sidabro indų, veidrodžių, kilimų, sietynų ir kandeliabrų.
1862 - 1869 m. Rotušėje buvo Kauno miesto klubas, vėliau - rusų klubas, ugniagesių būstinė, rusų teatras. 1869-1944 m. Rotušėje vėl buvo miesto savivaldybė, 1944-1951 m. archyvas, 1951 1965 m. Kauno Politechnikos instituto statybos fakultetas.
1967 m. gegužės mėn. pristatytas projektas Rotušės restauravimui ir pritaikymui Santuokų rūmams, kurie buvo atidaryti 1973 m.
Šiuo metu Rotušėje vyksta ne tik santuokos, bet ir priimami garbingi miesto svečiai, pasirašomos sutartys, vyksta oficialūs renginiai. Kauno Rotušė, vadinama "Baltoji gulbė", štai jau 460 metų stovi Senojoje miesto aikštėje džiugindama kauniečius bei miesto svečius savo nepakartojamu grožiu.