Mintį Kražiuose steigti kolegiją pirmasis pareiškė Žemaičių vyskupas Merkelis Giedraitis. Mirdamas 1609 m. jis paskyrė 2000 vengriškų raudonųjų vienuolyno statybai ir užrašė šiek tiek žemės Kražiuose. Kolegiją 1613 m. įsteigė jėzuitai sklype, kurį jiems padovanojo Vilniaus vaivada Mikalojus Kristupas Radvila Našlaitėlis. Jis jėzuitams padovanojo 1565 m. statytą mūrinę rezidencinę pilį - rūmus ir žemės sklypą Kražantės vingyje. 1614 m. Žemaičių seniūnas ir Lietuvos didysis etmonas Jonas Karolis Chodkevičius ir jo žmona Slucko kunigaikštytė Sofija Maleckaitė užrašė Kražių kolegijai 7 ūkius ir pastatydino rūmus. 1616 m. laikinuose mediniuose namuose atidaryta pirmoji kolegijoje - gramatikos klasė. Pirmas naujai atidarytos kolegijos mokytojas buvo Jonas Kochas, atvykęs iš Braunsbergo kolegijos. 1618 m. pašventintas mūrinės kolegijos kertinis akmuo. Pašventinimo iškilmėse dalyvavo Lietuvos didysis iždininkas Jeronimas Valavičius. 1620-1742 m. čia veikė ir Žemaičių kunigų seminarija. [1] 1693 m. prie kolegijos pastatyta bursa – studentų bendrabutis.
Pirmaisiais metais į I klasę buvo priimta apie 50 mokinių. Vėliau visose klasėse mokėsi 250-300 mokinių. Panaikinus jėzuitų ordiną, 1773 m. kolegiją perėmė Edukacinė komisija ir pertvarkė į apygardos mokyklą. Joje mokėsi iki 500 mokinių. 1797 m. mokykla atiteko Kolainių karmelitams. 1817 m. pradžios mokyklą perėmė Vilniaus universitetas, ji pavadinta gimnazija. Tų pačių metų rudenį Vilniaus universitetas atidarė dvi žemesniąsias gimnazijos klases, po metų mokykla tapo pilna šešių klasių gimnazija. 1844 m. gimnazija perkelta į Kauną, jai suteiktas gubernijos gimnazijos statusas (dabar Kauno Maironio gimnazija).
Kolegija neturėjo didelių materialinių rūpesčių, skolų, nes fundatoriai Chodkevičiai, Radvilos, karalius Jonas Sobieskis, Žemaičių vyskupai, Žemaičių žemės teismo teisėjas Petras Šiukšta , LDK iždininkas Jeronimas Valavičius, Šiaulių klebonas Petras Tarvainis ir kiti fundatoriai bei donatoriai pastatydino kolegijos ir bažnyčios kompleksą, aprūpino žemėmis, dovanodavo vertingas bibliotekas ir nuo pat kolegijos veiklos pradžios užtikrino 26 neturtingų mokinių visokeriopą išlaikymą ir mokymąsi.
Kražių gimnazija, viena pirmųjų pasaulietinių mokyklų Lietuvoje, išsiskyrė iš kitų to meto mokyklų mokslo lygiu, mokymo priemonių gausa, gerai parengtais mokytojais. Gimnazijoje daugiausia dirbo daktaro laipsnį įgijusieji Vilniaus universiteto auklėtiniai. Kai kurie jų (S. Malcužinskis, Z. Bartoševičius, S. Sobolevskis) aktyviai dalyvavo kultūriniame gyvenime, palaikė ryšius su Vilniaus universiteto filaretais ir filomatais.
1614-1844 m. veikė Kražių kolegijos biblioteka, XVIIa.-XVIII a. – Kražių mokyklinis teatras. Pirmasis žinomas vaidinimas – 1667 m. suvaidinta D. Mikulskio tragedija „Belizarijus“. Iš viso žinoma 30 vaidinimų ir teatralizuotų renginių, tarp jų - M. Chanevskio, M. Juškevičiaus, A. Mlodzianovskio, S. Sadovskio, G. Šimkevičiaus, M. Veličkos scenos veikalų.