Klaipėdos universitetas įsteigtas 1991 m. sausio 1 dieną Lietuvos Respublikos Aukščiausiosios Tarybos (Steigiamojo Seimo) nutarimu nr. 1-640. Savo akademinę veiklą pradėjo 1991 m. rugsėjo 1 d. turėdamas tris fakultetus (Humanitarinių ir gamtos mokslų, Jūrų technikos ir Pedagogikos) ir apie 3 000 studentų. Universitetas kūrėsi tuo metu Klaipėdoje buvusių aukštųjų mokyklų fakultetų arba jų filialų pagrindu.

Lietuvos Aukščiausiosios Tarybos nutarimu nuo 1991 m. sausio 1 d. įsteigiamas Klaipėdos universitetas.
Klaipėdos universitetas šiandien skaičiuoja antrąjį savo gyvavimo dešimtmetį. Tai vienintelis valstybinis klasikinis universitetas išskirtiniame ekonominiu, kultūriniu ir geopolitiniu požiūriais Lietuvos pajūrio areale, vieninteliame šalies uostamiestyje.
Sparčiai augančiame Universitete šiandien studijuoja arti 10 000 studentų, dirba per 600 profesorių, docentų, dėstytojų, veikia 7 fakultetai (Gamtos ir matematikos mokslų, Humanitarinių mokslų, Jūrų technikos, Menų, Pedagogikos, Socialinių mokslų, Sveikatos mokslų), 2 studijų institutai (Jūreivystės ir Tęstinių studijų), 5 mokslo institututai (Baltijos pajūrio aplinkos tyrimų ir planavimo, Baltijos regiono istorijos ir archeologijos, Jūrinio kraštovaizdžio, Mechatronikos, Regioninės politikos ir planavimo) mokslo ir studijų centrai, biblioteka, Botanikos sodas, leidykla, Karjeros centras. Klaipėdos universitetas turi didžiausią Lietuvoje mokslo tiriamąjį-mokomąjį burlaivį „Brabander“, skirtą studentų praktikai ir jūrinėms ekspedicijoms.
Universitetas įgyvendina žmogaus ir intelektualios visuomenės ugdymo misiją, saugodamas Vakarų Lietuvos kultūrinį ir istorinį paveldą, puoselėja senas tradicijas. Mokslo ir studijų vienovė, jų kokybinė integracija į Lietuvos bei Europos mokslinę erdvę – pagrindinis Universiteto veiklos principas. Universiteto misija yra universali ir kartu išskirtinė, tenkinant Lietuvos kaip jūrų valstybės reikmes rengti kvalifikuotus specialistus, atlikti fundamentaliuosius ir taikomuosius tyrimus.
Klaipėdos universitetas yra orientuotas į Vakarų demokratinių universitetų modelį. Įgyvendinamos studijų programos, atitinkančios Europos ir JAV universitetų reikalavimus. Jis formuojasi kaip autonomiškas, modernus mokslo ir studijų židinys, ypač reikšmingas šalies, Vakarų Lietuvos regionui ir Baltijos jūros universitetų sandraugai.
Universitete plėtojama profesionali meninė veikla. Klaipėdos universiteto meno kolektyvai ir pavieniai atlikėjai yra pasiekę aukštų meninių rezultatų. Jie sėkmingai atstovauja Universitetui ir yra jo atpažinimo ženklas Lietuvoje ir užsienyje