Istoriniuose šaltiniuose Beržėnų gyvenvietė minima nuo XV a., o XIV a. čia buvo valsčiaus centras.
Buvusiam Beržėnų dvarui ir kaimui vieta parinkta netoli Ventos-Anuvos santakos, Ventos kairiajame krante, 4 km į šiaurės vakarus nuo Šaukėnų, 11 km į šiaurės rytus nuo Užvenčio. Vietovės vardas kildinamas iš beržų.
Beržėnai buvo vienas iš kelių būdingų šiaurinių Žemaičių žemės valsčių centrų, dislokuotų pietiniuose valsčių pakraščiuose. Jis buvo palyginti nedidelis, žemės valdos smulkios. Įdomu tai, kad jis įsikūręs ne miestelyje, o smulkioje gyvenvietėje. Tai gali liudyti, kad jis išlikęs iš senesnio, dar pagonybės laikų administracinio suskirstymo.
XVI a. Beržėnų valsčiuje išsiskiria du didesni centrai - Šaukėnai ir Kurtuvėnai, o šiaurėje - Kuršėnai. Be to, Beržėnų vardu buvo vadinama ne viena žemės valda, priklausanti skirtingiems savininkams.
Beržėnų dvaras siejamas su sena žemaičių bajorų gimine, pradėjusia reikštis Lietuvos gyvenime nuo XVI a. - Šemetomis. Šemetos XVI a. rezidavo Kuršėnuose, kuriuose buvo Užvenčio dvaro medžioklės rūmai, o Beržėnai tuo metu buvo palivarkas. Šemetos Šaukėnus ir Beržėnus valdė iki 1610 m. Pagal išlikusį inventorių, rašytą tuo metu kai Stanislovas Šemeta šias valdas perdavė Mstislavo ir Radono seniūnui Petrui Pacui, žinoma, kad tiek Šaukėnai, tiek Beržėnai tuo metu minimi kaip senų, apnykusių pastatų kompleksai, nepasižymintys jokia didesne prabanga.
1610 m. Beržėnų palivarkas mažai kuo skyrėsi nuo bet kurios kitos to laikotarpio smulkesnių savininkų sodybos. Viso labo tik abu namai buvo balti; vienas pastatas - administracinis, turintis seklyčią su dviem langais ir kamarėlę viename gale bei kamarą daržovėms laikyti - kitame gale, o antrasis gyvenamasis pastatas irgi dvigalis. Iš ūkinių pastatų minimi du svirneliai, arklidės ir dūminė jaujos tipo pirkia. Visi pastatai mediniai, dengti šiaudais, taigi nei Beržėnai, nei Šaukėnai stambesne žemės valda nebuvo, nepasižymėjo ir būdingu didesniam dvarui pastatų gausumu.
Apie 1695 m. Pacas Šaukėnus ir Beržėnus pardavė Vilhelmui Korfui, vėliau Beržėnus valdė jo sūnus Mikalojus, o nuo 1717 m. - Aleksandras Korfas. Apie 1763 m. Beržėnų savininku tapo Antanas Andrius Gorskis (Rapolo sūnus). Gorskiai iš Varšuvos pavieto į Lietuvą atsikėlė XVI a. Nuo XVIII a. vidurio Beržėnų dvaras atsidūrė Gorskių giminės rankose. Jis Gorskiams priklausė iki XIX a. vidurio, o pagal moteriškąją liniją - net iki XX a. ketvirtojo dešimtmečio.
1698 m., sprendžiant iš inventoriaus aprašymo, Beržėnų dvaras jau išvaizdesnis. Minimas ištaigingesnis dvaro gyvenamasis pastatas, su dvejomis pirkiomis ir alkieriumi, mūriniu rūsiu, kurio visos durys, langai ir langinės buvo su geležies įtaisais. Padidėjo ir ūkiniai dvaro pastatai: kluonas su diendaržiais, jauja, tvartai, salyklinė, kai kurie iš naujų pastatų dengti jau gontais. Maždaug tokį dvarą nusipirko Gorskiai dar prieš 1736 m.